通常細分為兩種系統：

　　蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離氨基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次最多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統一次最多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。

　　氨基酸分析儀應用領域：

　　1、醫學上的應用

　　氨基酸代謝異常角度闡述了氨基酸與肝性腦病的關系

　　血清中11種游離氨基酸的降低可直接影響人體組織的正常發育、生長

　　必需氨基酸在創傷愈合中的關系

　　腫瘤組織氨基酸代謝的變化規律

　　2、飼料上的應用

　　質量控制

　　各種飼料必需氨基酸的含量和它們之間的比例必須恰當，測定原料和產品中的氨基酸含量，以達到保證質量的目的。

　　真偽鑒別

　　魚粉氨基酸組成特點是賴氨酸、蛋氨酸含量高，氨基酸分析結果很容易就可以辨別真偽。

　　3、農業、食品、飲料及其它

　　對玉米、大豆、小麥等農作物的氨基酸含量進行檢測；

　　對果汁、飲料進行真偽的鑒別；

　　檢驗測定茶氨酸來鑒別真偽茶葉；

　　對醬油級別的認定；